Prvá zmienka o  škole je z roku 1962, keď odbor školstva zriadil Osobitnú školu zriaďovacím dekrétom z 11. augusta 1962.

• Vyučovať sa začalo v školskom roku 1962/1963 v odpoludňajších hodinách v miestnostiach vtedajšej Družiny pri III. ZŠ s 33 žiakmi v troch triedach s 1. - 5. postupovým ročníkom. Až do roku 1966 bola škola umiestňovaná núdzovo každý rok v iných priestoroch  a v inej škole. Triedy boli zriadené v Učňovskej škole a riaditeľňa a zborovňa bola v priestoroch III. ZŠ. V júli 1966 boli škole pridelené priestory po Domove mládeže.
• V II. polroku školského roka 1966/1967 začalo pri škole fungovať I. oddelenie Družiny.
• Školská jedáleň začala fungovať od 12.1.1970.  
• Od školského roka 1979 - 2021 začali postupne  svoju činnosť aj elokované pracoviská:

• 1979 - 1988 elokovaná trieda v Zborove  
• 1981 - 1992 elokovaná trieda v Lenartove  
• 1986 - 2004 elokovaná trieda v Malcove  
• 1988 - 1995 elokovaná trieda v Giraltovciach 
• 1993 - 2004 elokovaná trieda v Raslaviciach 
• 2001 - 2015 elokované triedy na Kellerovej ulici /29. augusta 4/ v Bardejove /pozastavená činnosť/
• 2010 - 2021 elokovaná trieda v Hertníku /pozastavená činnosť/

• V školskom roku 1985/1986 boli Osobitnej škole pridelené nové priestory na súčasnej Přerovskej ulici 7 v Bardejove, kde sídlila do roku 2005.
• Od 1.1.1997 škola získala právnu subjektivitu pod vedením Krajského úradu v Prešove.
• Od školského roka 2000/2001 bola Osobitná škola premenovaná na Špeciálnu základnú školu.
• 1.9.2001 začali svoju činnosť Praktická škola a Centrum špeciálno - pedagogického poradenstva pri Špeciálnej základnej škole.

• V septembri 2005 sa škola presťahovala do nových priestorov, na ulicu Pod papierňou v Bardejove, kde sídli doteraz. 
• Od septembra 2008 je Špeciálna základná škola premenovaná na Spojenú školu. 
• V školskom roku 2008/2009 sme prvýkrát otvorili autistickú triedu Špeciálnej základnej školy.              
• 1.9.2014 začala svoju činnosť Špeciálna materská škola, organizačná zložka Spojenej školy
• 1.9.2017 začalo svoju činnosť Odborné učilište, organizačná zložka Spojenej školy

Riaditelia školy od jej založenia až po súčasnosť /rozmedzie školských rokov/:

september 1962 - jún 1979                  Anna Varzalyová

september 1979 - jún 1982                  Juraj Pangrác 

september 1982 - jún 1990                  Ján Vendel

september 1990 - jún 1995                  Eva Šoltésová 

september 1995 - jún 2002                  Mgr. Mária Dianišková 

september 2002 - jún 2018                  Mgr. Magdaléna Zábojníková    

od septembra 2018                               Mgr. Božena Haburčáková